Está compuesta por tres franjas horizontales iguales; roja la superior, azul la inferior y verde la central ostentando dos estrellas blancas de cinco puntas significando o simbolizando la unidad cantonal.
El color rojo, como se deja dicho al hablar del mismo con referencia al Escudo, representa el fervor cívico que inflama los corazones de los atahualpenses y su empeño de lucha por las causas nobles. El color sinople traduce el verdor de los campos y la noble esperanza de sus gentes por encontrar sus mejores realizaciones, así como el mantenimiento firme de la causa libertaria.
En el color azul de la franja inferior está reflejado el cielo y los ríos listos al abrazo fraterno.
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