Discussion:Classification phylogénétique

Unités de base des classifications phylogénétiques

Je remplace "espèces" par "taxons" dans "qui a pour objectif de rendre compte des relations de parenté (apparentement et non généalogie) entre les espèces en les organisant en taxons (groupe d'organismes de n'importe quel rang taxonomique)". L'espèce n'est pas spécialement l'unité de classification de base des classifications phylogénétiques, il existe des classifications de niveaux taxonomiques différents de l'espèce. Par exemple, l'APG est une classification des familles de plantes à fleurs et ne s'intéresse pas aux espèces, il y a des classifications phylogénétiques des langues, des classifications phylogénétiques de gènes. Par ailleurs, les phylogénéticiens moléculaires ne travaillent en pratique jamais avec des taxons terminaux spécifiques mais des individus. Dans un cadre cladistique, l'espèce n'est pas moins un concept que n'importe quel autre rang, ça n'a pas de sens d'insister particulièrement sur ce rang-là. Lardizabalaceae (discuter) 7 mai 2018 à 22:54 (CEST)

Je comprends mieux ton problème, mais tu confonds là taxon et OTU. De plus, dans la théorie hénnigienne cela a bien un sens particulier d'insister particulièrement sur les espèces puisque ce sont elles qui forment les segments des arbres phylogénétiques entre deux événements de spéciations (ou entre une spéciation et une extinction). Les individus utilisés sont considérés comme représentatifs de leur espèce à cause du concept biologique de l'espèce. La classification présentée par l'APG a bien été produite en analysant des matrices de caractères moléculaires et d'espèces, même si les présentations synthétiques ne montrent pas les niveaux inférieurs. Les langues et les gènes peuvent éventuellement apparaitre dans des cladogrammes ou des classifications s'inspirant de la classification phylogénétique, mais ce ne sont pas des classifications phylogénétiques au sens de la systématique phylogénétique de Hennig. BernZ (discuter) 7 mai 2018 à 23:04 (CEST)

Non je ne confonds pas OTU et taxon, quand on utilise les données d'observation d'un seul spécimen dans une matrice, ça ne change rien de le considérer comme représentant d'une espèce ou d'une famille, dans les deux cas on produira une classification phylogénétique de taxons. Par exemple il y a des articles qui utilisent des données de spécimens (donc pas des espèces mais bien des individus) pour produire une classification supraspécifique (Wang 2009 par exemple). Il y a aussi des cas où on mélange des séquences de gènes provenant d'espèces différentes dans la même OTU pour faire des phylogénies au niveau du genre (Magallon 2015). Par ailleurs l'APG ne se base pas sur une analyse cladistique particulière mais bien sur le consensus de toutes les phylogénies produites depuis la version précédente. Mes deux exemples précédents ont été utilisés pour construire cette classification. Il s'agit donc bien de classification phylogénétique dont l'unité de base n'est pas l'espèce mais bien des "taxons" au sens large.

Par ailleurs considérer que la "systématique phylogénétique" est forcément "au sens de Hennig" c'est ignorer 60 ans d'histoire des sciences. Les méthodes à modèles dont c'est discutable et discuté qu'elles font partie des méthodes cladistiques ne sont certainement pas hennigiennes. Et les classifications des langues et des gènes basées sur des phylogénies sont strictement des classifications phylogénétiques dans un cadre cladistique (voir ce livre par exemple). Je suis entrain de préparer une section sur ce point pour l'article.

Lardizabalaceae (discuter) 7 mai 2018 à 23:31 (CEST)

Vous prêchez un converti, je suis le premier à souligner l'importance de ne pas confondre "systématique phylogénétique" et "cladistique" ! Il n'empêche que manipuler des OTU à un niveau supérieur à l'espèce reste rare, il faudra reformuler en ce sens. L'espèce occupe bien une place particulière. La classification phylogénétique stricto sensu ne concerne que les organismes par définition. Votre apport sur les approches phylogénétiques dans d'autres disciplines sera surement très intéressant mais il aura surement davantage sa place dans un autre article. BernZ (discuter) 7 mai 2018 à 23:58 (CEST)

Premières discussions

Pas d'accord Hashar, les trois domaines peuvent être introduit ici, mais méritent un article personnel. Anthere

Je n'ai pas travaillé cet article ni Classification scientifique.

Mon idée était surtout de regrouper les myriades d'articles qui donnaient une image brouillon :)

Ashar Voultoiz 6 nov 2003 à 19:36 (CET)

c'est peut être en effet un peu brouillon et doit être mis en place. Voyons ce qu'un biologiste en fera. Tout mettre ensemble dans un unique article ne me semble pas être la solution pour éclaircir la situation. Patience Anthere

je suis d'accord avec vous il y a besoin de restructurer tous ces articles qui se repondent par l'intermédiaire de redirections et de redirections de redirections je crois que le problème vient en partie que l'on ne se définit pas un (ou deux) système de classification à suivre au long des articles. on a tantot une référence à une classification cladistique tantot à une classification classique hiérarchique peut-être pourrait on se donner une référence comme le site www.tolweb.org pour la classification phylogénétique et ITIS en partie pour la classification plus ancienne.

en tout cas je suis drolement content que d'autres viennent essayer d'y mettre un peu d'ordre, j'ai essayé de structurer pas mal la partie angiospermes pour le reste c'était un peu en friche votre POV m'intéresse

jeffdelonge 6 nov 2003 à 20:09 (CET)

De mon coté Cinq règnes du vivant c'est une notion qui vient de la classification scientifique (ou traditionelle), classification dépassée. Je pense pas que les "cinq règnes du vivant" méritent un article à eux, tout au plus un titre dans classification scientifique.

Pour les règnes (que ce soit les cinq de l'ancienne classification ou les quatres de la phylogénétique) leur article est règne (qui pourrait intégrer une mention sur les cinq régnes du vivant.

Bref je vote pour la suppression de "cinq régnes du vivant".

Pour les classifications à mon avis la plus juste est la phylogénétique se basant sur l'ADN. Elle définit 3 domaines dont l'un est divisé en 4 règnes.

Ashar Voultoiz 6 nov 2003 à 20:40 (CET)

je vois que tu as mis Treebase comme site de référence, tu ne crois pas que c'est trop complexe pour une encyclopédie généraliste comme wikipedia? il me semble qu'il faut pratiquement être un spécialiste pour en tirer quelque chose. d'autre part malgré le fait qu'elle soit périme la classification classique est encore largement répandue dans les ouvrages à la disposition du public, c'est pour cela que je préconise de l'utiliser en paralelle avec les dernières classifications phylogéniques qui ne sont pas encore définitives dans tous les secteurs du vivant.

jeffdelonge 6 nov 2003 à 21:37 (CET)

je ne suis pas d'accord pour la suppression des articles sur les 3 et les 5. Ce n'est parce que quelque chose n'est plus utilisé (quoique...cela se trouve encore à bcp d endroit) et encore moins sous le prétexte que c'est un stub qu'on élimine un article. Tu peux introduire les notions dans l article principal, mais laisse donc vivre leurs descendants. Ce n'est pas en fourrant tout ce qui est ancien dans un grand sac que nous eclairciront les choses. Il faut bien voir qu'il existe encore bcp de personnes ayant été éduquées selon cette classification, et comme le dit Jeff, il existe encore de nombreux livres; Ce n'est pas parce qu'elle n'est plus utilisée maintenant qu'une information doit être éliminée; et l'existence d'un article spécifique est une information qui aidera le lecteur curieux a mieux se retrouver dans ce b. Anthere 6 nov 2003 à 22:14 (CET)

Juste pour rappeler qu'une table des matières bien tenue et cohérente, est le principal indicateur du contenu d'un article et de sa qualité sans en venir à lire tout le texte.

Merci

Juste un petit mot pour vous dire que tel que c'est, j'ai réussi à m'y retrouver et à comprendre où on en était des classifications du vivant. Cela m'a été très utile, car je suis toute nouvelle enseignante contractuelle (pas titulaire, mais ayant les mêmes fonctions). Un grand merci à vous! pas facile de passer d'une classification "scientifique" à une classification "phylogénétique", d'autant que les programmes incluent l'ANCIENNE classification!! Je suis scientifique, mais pas du tout spécialiste des classifications!

Niña 10 septembre 2004 à 16h23

Utilisateur:koko32978 La classification phylogénétique est meilleure car elle permet de regrouper plusieurs aspects sous une même classification. Elle unifie en quelque sorte les savoir de manière cohérente. Plus une classification contient d'informations de par sa structure, plus elle est pertinente, allusion également au fait qu'une bonne table des matières est primordiale pour le bon fonctionnement d'un article.

orthographe

Phylogénétique ou Philogénétique ? philogénétique existe ailleurs sur internet. Je pense que rajouter les racines étymologiques du mot serait un plus pour l'article.

Corrections d'erreurs

J'ai corrigé de nombreuses erreurs, notamment celle de prendre le livre de Lecointre et Le Guyader comme référence d'un côté (ce qui est très pertinent et doit être conservé) tout en affichant un tableau de rangs taxinomiques et en incluant ces rangs taxinomiques dans les exemples de groupes valides au sein des classifications phylogénétiques de l'autre côté (ce qui est contradictoire puisque le livre de Lecointre et Le Guyader enseigne une classification phylogénétique qui a abandonné l'usage des rangs taxinomiques, ce qui est aussi le cas de la plupart des systématiciens). Pour le reste j'espère que les "taxobox" de wikipédia en français mais aussi des différentes wikis (dans les autres langues) seront progressivement abandonnées. Nous devrions offrir au lecteur les listes de rangs de taxons uniquement sur un ou deux articles consacrés à l'histoire des sciences, et les offrir en tant que conceptes dépassés, au lieu de les montrer à chaque article d'espèce ou de taxon comme si ce concepte de rang taxinomique était encore d'actualité. La plupart des systématiciens ne font que construire des cladogrammes et ne parlent plus d'ordre, de règne, de classe, d'embranchement ni de plus rien de tout ça. Les différentes wiki devraient donc offrir à leurs lecteurs une vision cohérente et sans contradiction de la systématique telle qu'elle est de nos jours. Au lieu de ça les articles mélangent indistinctement classification classique et classification phylogénétique... ça fait longtemps que je le dis... des volontaires ! il me faut des volontaires pour évincer les taxobox ! quel serait le meilleur endroit pour en discuter ? Le portail de la biologie ? 343KKT Kintaro (d) 18 août 2008 à 21:39 (CEST)

Réécriture de l'article

En réalité je ne l'ai pas réécrit puisque j'ai conservé tous les paragraphes déjà existants. Si je parle de réécriture c'est parce que je l'ai profondément restructuré : il fallait mettre dans l'ordre tous les conceptes (phylogénie, généalogie, clade, cladistique, monophylie/paraphylie, apomorphie/synapomorphie, etc etc etc) car malheureusement le lecteur se les trouvait tous sans ordre cohérent. Il y a plein d'autre choses à expliquer (symplésiomorphie, homologie, convergence évolutive, rôle des fossiles dans la construction des arbres, systématique évolutive etc) mais cela saturerait le lecteur et je pense que pour l'instant Wikipédia se doit d'expliquer la phylogénétique de la façon la plus simple avant de commencer, un jour, à en faire un article complexe et détaillé. J'ai rédigé maintenant un article que le néophyte peut lire facilement grâce au fait que les conceptes apparaissent au fur et à mesure en s'épaulant sur des conceptes déjà expliqués. Je pense qu'on peut maintenant lire cet article... et le comprendre. 343KKT Kintaro (d) 22 août 2008 à 02:31 (CEST)

Bon boulot! manque juste des illustrations. Guérin Nicolas     24 septembre 2008 à 18:04 (CEST)

J'a fait une relecture (avec wikification), j'ai l'impression que les interwikis sont mal fichus :

• le lien anglophone débouche sur l'article cladistic qui lui même donne en interwiki l'article français cladistique.
• le lien allemand débouche sur l'article Phylogenese, n'a pas de lien vers un article français, et le lien anglais est Phylogenetics qui lui non plus n'a pas de lien vers un article français.

Il faudrait donc rétablir les bonnes bijections. Cela me fait penser à une remarque : la différence entre l'article présent et l'article cladistique n'est pas claire, et à lecture des deux articles on pourrait penser que cela désigne la même chose, il serait donc bien en une phrase que l'on explique cette différence. Une autre confusion en parcourant les articles liées : quel est le premier domaine monophylétique du vivant? les bactéries ou les eubactéries? (à préciser dans le présent article) PS: je rajoute des illustrations. Guérin Nicolas     24 septembre 2008 à 18:35 (CEST)

Nicolas, il n'y a pas de premier domaine monophylétique qui tienne, la question du domaine est une question de rang taxinomique, donc une question linnéenne et non phylogénétique. Le texte que j'ai écrit explique déjà que les rangs taxinomiques ne sont pas le propre de la classification phylogénétique et que seulement quelques auteurs cherchent encore à caser des taxons (mammifères) dans des rangs de raxon (les mammifères sont une classe). Pour Lecointre et Le Guyader, par exemple, les mammifères ne sont ni une classe, ni un règne, ni un domaine, ni un ordre ni rien de tout ça. Les mammifères ont le même rang que leur groupe frère quel qu'il soit, et un point c'est tout. C'est ça la classification phylogénétique. Bien à toi : 343KKT Kintaro (d) 30 septembre 2008 à 20:29 (CEST)

Taxobox

Bonjour.
La taxobox du lys est sensée montrer la différence des classifications, mais c'est un mauvais exemple : tous les groupes se correspondent ! Ce n'est pas parce qu'ils sont en latin dans une case et en français dans l'autre que ça change quoi que ce soit !
De plus, une classification phylogénétique supporte mal la nomenclature linnéenne.
Pourquoi ne pas comparer (en simplifiant), par exemple, les deux systèmes (ancien plutôt que classique, et actuel plutôt que phylogénétique) pour un oiseau ou une algue brune ? Là, il y a des différences...
Cordialement, David Mitrani (d) 15 mai 2009 à 12:25 (CEST)

Eubacteria (classification phylogénétique) ou Arbre phylogénétique du vivant ?

J'avais préféré mettre un lien vers Arbre phylogénétique du vivant, dans les liens internes (qui est un redirect vers Eubacteria (classification phylogénétique)), car quelqu'un qui cherche la classification du vivant ne pensera probablement pas à aller la chercher dans Eubacteria (classification phylogénétique). Si le résultat est le même, le lien dans l'article Classification phylogénétique me semble plus pertinent vers Arbre phylogénétique du vivant (aussi non, il n'y a pas de raison de mettre la page de phylogénie des Eubacteria plutôt que celle d'un autre taxon).

Cordialement, --Gagea (d) 20 septembre 2009 à 09:10 (CEST)

Navré de ne pas avoir signalé ici mon action mais il est évident que le redirect de Arbre phylogénétique du vivant vers Eubacteria (classification phylogénétique) n'a aucun sens : les eubactéries sont un clade de l'arbre et non pas l'arbre lui-même. Un lien de phylogénie général ne peut en aucun cas être redirigé vers un article de phylogénie particulière, c'est-à-dire celle d'un embranchement qui exclut tous les autres. Pourquoi pas dans ce cas rediriger ce lien, Arbre phylogénétique du vivant, ves les archées ou vers les eucaryotes ? ils ont le même rang dans l'arbre que le rang des eubactéries... J'ai donc fait ce qui est le plus approprié : rediriger Arbre phylogénétique du vivant vers Arbre phylogénétique, au moins en attendant que Arbre phylogénétique du vivant ait un contenu approprié. Mais quand aura-t-il un contenu approprié ? des modèles de classification phylogénétique il n'y en a pas qu'un seul, même si celui de Lecointre et Leguyader a déjà son article il ne peut pas être contemplé comme le seul existant ou comme le seul étant porteur de vérité. Peut-être faudrait-il créer un contenu pour Arbre phylogénétique du vivant qui expliquerait justement ce qu'est l'arbre phylogénétique du vivant en y incluant une liste connue (courte dans mon cas) de modèles d'arbres, dont celui de Lecointre et Leguyader. J'ai déjà vu, Gagea, que tu as défait mon redirect de Arbre phylogénétique du vivant vers Arbre phylogénétique, tu l'as remis vers les eubactéries... ne te rends-tu pas compte que cela n'a aucun sens ? Mettons-nous vite d'accord sur ce point ! Amitiés ! Kintaro (d) 20 septembre 2009 à 19:45 (CEST)

Ah, oui, je n'ai pas répondu à l'un des points que tu mentionnes : il est vrai que l'arbre des eubactéries, en tant que taxon particulier, n'a pas à être inclu parmi les liens internes de l'article, mais ce n'est pas moi qui l'avait inclu alors si toi ou d'autres utilisateurs le voulez nous pouvons le retirer. Autre chose complètement différente est la question du redirect dont je parlais plus haut, au risque de me répéter je redirai à nouveau qu'il n'a, de toute évidence, aucun sens. Merci de m'avoir lu, je lirai à mon tour ta réponse avec intérêt, respect et attention. Kintaro (d) 20 septembre 2009 à 19:54 (CEST)

En fait, le redirect que j'ai fait vers Eubacteria (classification phylogénétique) (je n'avais pas vu que c'est toi qui venait de changer la redirection, et je pensai que c'était plus ancien. J'étais justement en plein dans une série de redirection vers Eubacteria) est dû au contenu de l'article Eubacteria, justement. En pratique, cet article présente bien les différentes classifications de la racine du vivant qu'il existantes. En fait, l'une des classifications du vivant qui existe (celle de Thomas Cavalier-Smith) propose que les Archées et les Eucaryotes (formant, réunis, les Neomura) soient inclus dans les Eubactéries. Selon cette classification, les Eubactéries sont bien à la racine du vivant.

Or c'est cette classification qu'il a été choisi d'adopter (au moins dans le choix du titre de l'article Eubacteria), je ne sais pas exactement pour quelle raison, et cela m'a moi aussi étonné. Ce sont Elapied et David Mitrani] qui ont fait ce choix dans le cadre du Projet:OEV/Classification phylogénétique. Au vu de l'énorme boulot qu'ils ont fait, et comme je ne m'y connais vraiment pas plus que ca en classification phylogénétique (et notamment au niveau des débats sur l'enracinement du vivant), je n'ai pas contesté leur choix, et j'essayais simplement d'essayer de rendre le reste de l'encyclopédie cohérente avec ce choix.

Je les invite de ce pas à rejoindre cette conversation, afin d'avoir leur point de vue.

Cordialement, --Gagea (d) 20 septembre 2009 à 21:52 (CEST)

Bonjour à tous. Dans le domaine de la phylogénétique, presque tous le monde est maintenant d'accord sur un point : les eubacteria ne sont pas sensu stricto à la base des eukaryota mais ont un ancetre commun avec ceux-ci et les archaea. La question de savoir comment s'articule exactement la base de l'arbre à ce niveau-là est très débattue. L'option présentée sur wikipedia est une option parmis plusieurs possibles et n'est donc qu'une des principales hypotheses en la matiere. L'article Eubacteria (classification phylogénétique) ne devrait donc pas, en soit, constituer la base de l'arbre. Mon idée est que l'article Arbre phylogénétique du vivant est peut-être plus approprié pour ca. Cordialement, Elapied (Discu) 24 septembre 2009 à 15:36 (CEST)

Le vivant (classification phylogénétique) semble en fait l'article le plus approprié... Elapied (Discu) 24 septembre 2009 à 15:43 (CEST)

L'article Arbre phylogénétique a été allégé, une partie du contenu a été mis dans l'article Le vivant (classification phylogénétique) et la redirection de l'ancien article Arbre phylogénétique du vivant pointe désormais vers ce dernier.

Cordialement, David Mitrani (d) 19 octobre 2009 à 10:36 (CEST)

Ordre auquel appartient Homo sapiens ?

Salut ! L'article dit que l'ordre auquel appartient Homo sapiens n'est plus les Primates (selon la phylogénétique), qui n'en serait plus un. Dans ce cas, quel est l'ordre parmi tous ces taxons ?

Bonjour.

Si, bien sûr, Homo sapiens est un primate. Ce taxon s'avère monophylétique, et constitue donc un clade dans un arbre phylogénétique.

Par contre, ce sont les niveaux de la nomenclature linnéenne qui n'y ont plus cours, puisque l'ordre des Primates est sans doute le groupe-frère des Carpolestinés qui sont une sous-famille de Plésiadapiformes. Ordre ou sous-famille ? Ces niveaux supposaient une analyse phylogénétique beaucoup moins poussée que ce qui est réalisé actuellement, dans une classification qui, faute de mieux, était phénétique, basée sur des critères uniquement morphologiques, et qui, de plus, considérait les grades évolutifs comme des taxons valides (p.ex. séparait les Reptiles et les Oiseaux).

L'homme est donc un primate, mais ceux-ci ne sont plus un ordre, nomenclature désormais obsolète dans un cladogramme phylogénétique. Mais on peut continuer à utiliser d'autres classifications où cette nomenclature garde une pertinence... mais alors ce ne sera plus strictement phylogénétique !

Cordialement, David Mitrani (d) 14 décembre 2010 à 18:08 (CET)

PS : Signe tes contributions sur les pages de discussion avec trois ou quatre tildes (~) stp.

Phylogénétique et psychanalyse freudienne

Pour Freud l'inconscient est phylogénétique. Peut on envisager une précision de l'article en ce sens. G de g 24 juin 2011 à 18:09 (CEST) (chngmnt titre)--G de Gonja 13 mars 2013 à 09:15 (CET)

N'hésite pas à l'écrire dans un nouveau paragraphe !

Cordialement, David Mitrani (d) 24 juin 2011 à 18:34 (CEST)

voir [1] --Tooony (d) 25 juin 2011 à 14:03 (CEST)

pourquoi avoir fait cette modification de date ? GdeG la reponse n’a pas changée. Si vous souhaitez faire un paragraphe, c’est possible mais avec de quoi le faire. Donc des sources valides et du domaine C’est pas chez les botaniste et zoologiste que j’irai cherché une réponse pour ma part, et pourtant j’en connais quelque uns de compétents. Votre intervention m’étonne, puis-je avoir des explications, svp ? Guyot b. est un péon de base 13 mars 2013 à 09:56 (CET) (d)

Pour des raisons d'identification de titre dans le sommaire. Je préparerai effectivement une partie idoine.--G de Gonja 13 mars 2013 à 15:52 (CET)

C’est à dire ? plus précisément svp ? parceque je me demandai ce que voulait dire cette petite modification sans rien de plus. @ bientôt, Guyot b. est un péon de base 13 mars 2013 à 15:56 (CET)(d)

Contre ça n'a vraiment aucun rapport avec la classification phylogénétique qui est le titre de cet article. — TomT0m ^[bla] 13 mars 2013 à 16:38 (CET)

Contre et même résolument contre ! Je partage totalement l'avis de TomT0m. La psychanalyse (qu'elle soit freudienne ou pas) n'a strictement aucun rapport avec la phylogénétique. De plus je ne vois vraiment pas comment on peut écrire "Pour Freud l'inconscient est phylogénétique" puisque la phylogénétique est une science qui a commencé avec le concept de cladistique créé par Willi Hennig en 1950 (elle est donc postérieure à 1950)... alors que Freud est mort en 1939 !... soit 11 ans avant même qu'on commence à penser l'arbre du vivant en termes de phylogénétique ! Donc soit vous vous êtes fait berner par des lectures ayant clairement pour but de manipuler le lecteur (et en matière de psychanalyse freudienne c'est chose on ne peut plus courante)... soit c'est vous-même qui interprétez Freud de cette façon et alors il y a donc nécessairement de solides notions scientifiques à revoir ! De toutes façons Freud ne peut aucunement avoir avoir utilisé le terme de phylogénétique puisque ce terme (et les notions qu'il recouvre) est postérieur à sa mort !!! Cordialement, Jacques Prestreau (d) 21 mars 2013 à 16:14 (CET)

J'ai eu la même surprise que vous de voir ce terme dans un article sur la psychanalyse . Il ne s'agissait évidemment pas de la science qu’on connait actuellement, mais du mot phylogénétique dans le sens "lié à la genèse de l'espèce", dans son ouvrage Totem et Tabou Freud prend pour hypothèse l’hérédité de l’inconscient comme caractère acquis qui prendrait racine dans l’histoire primitive humaine (c'est évidemment complètement obsolète). — TomT0m ^[bla] 21 mars 2013 à 16:19 (CET)

Critiques

Il n'existe pas dans cet article de partie qui défend certains traits de la classification classique et critique la classification "phylogénétique".

L'abandon des taxons paraphylétiques et des rangs taxinomiques ne permet plus de rendre compte correctement de la dynamique évolutive (tempo des radiations) ni de la magnitude des changements évolutifs. Il y existe des arguments sur l'objectivité des grades évolutifs.

Autre critique sur le vocabulaire : aujourd'hui on ne fait plus la différence entre monophylie et holophylie, ce qui provoque des confusions dans la lecture des arbres non enracinés. Pour rappel : monophylie (présence d'un ancêtre commun) s'oppose traditionnellement à polyphylie (convergence indépendante) et monophylie regroupe holophylie (tous les descendants sont inclus) et paraphylie (certains descendants, souvent très divergents, sont exclus). Iossif63 (d) 24 juillet 2011 à 10:23 (CEST)

Quelques protestations

Cet article je l'avais pas mal corrigé en 2009... et, depuis, je l'ai vu changer au fil du temps, en essayant de respecter le fait que cette encyclopédie est écrite par une communauté et que nous devons tous accepter la marge de liberté d'édition de chacun. Pourtant je ne comprends pas qu'on prenne la liberté d'insérer dans l'article des afirmations qui ne viennent nullement de sources scientifiques ou officielles mais bel et bien de préjugés populaires. Cette phrase, par exemple :

Cette classification se base également sur les comparaisons de molécules (ADN, protéines) dites homologues, appartenant à différentes espèces.

Hein ?!! comment ?!! depuis quand la classification phylogénétique se base spécifiquement sur des comparaisons de molécules ?!! Voilà un gros préjugé que je m'acharne à combattre à chaque fois que je l'entends. Il faudra donc le répéter encore une fois : la biologie moléculaire n'est ni une exclusivité de la classification phylogénétique ni l'un des éléments la définissant. Si Darwin n'avait pas commis l'erreur de croire que la généalogie peut être retracée (elle ne peut pas l'être) il aurait lui-même établi la révolution d'une classification phylogénétique, en d'autres mots : il aurait découvert que la généalogie a eu lieu mais ne peut pas être retracée (une généalogie ce sont les rapports d'ancêtre à descendant : qui descend de qui). Seule une phylogénie peut être retracée (une phylogénie ce sont les rapports de parenté : qui est plus proche parent de qui). Alors ? la biologie moléculaire dans tout ça ? et bien ce n'est rien d'autre que l'apport de caractères nouveaux qui étaient avant ignorés de la science, voilà tout. Le pouce opposable chez l'homme ? un caractère à prendre en compte lors de la comparasion des espèces et leur classification... les plumes des oiseaux ? un caractère à prendre en compte lors de la comparasion des espèces et leur classification... la trompe de l'éléphant ? un caractère à prendre en compte lors de la comparasion des espèces et leur classification... une séquence d'ADN mithocondrial constituant peu-être une synapomorphie chez les serpents ? un caractère à prendre en compte lors de la comparasion des espèces et leur classification... et c'est tout ! rien d'autre ! arrêtez tous de vous faire des films avec la biologie moléculaire ! Bref... j'espère que l'article ne continuera pas à se déformer avec le temps... ça devient lassant... Kintaro (d) 19 septembre 2011 à 03:24 (CEST)

Je suis d'accord avec votre critique de l'apport de la biologie moléculaire, cependant vous aussi vous affirmez des choses qui sont loin d'être unanimement reconnues comme le fait que la généalogie ne peut pas être reconstituée. C'était d'ailleurs l'objet de ma précédente critique, cet article admet "LA classification phylogénétique", comme elle se nomme elle-même, comme un dogme sans aucune place pour la controverse. Au contraire la généalogie peut être reconstituée, parfois très fidèlement. Il existe de multiples exemples de spéciation par bourgeonnement où l'espèce ancestrale, inchangée, cohabite avec une espèce dérivée (le chien et le loup, la téosinte et le maïs). Ce mécanisme peut également s'appliquer à des groupes entiers : l'homme descend des singes parce que l'ancêtre commun à l'homme et aux singes était manifestement un singe, les oiseaux et les mammifères descendent des reptiles pour la même raison (les groupes paraphylétiques ne sont pas un problème pour les classifications phylogénétiques qui s'opposent au cladisme et à Hennig). Iossif63 (d) 24 septembre 2011 à 15:11 (CEST)

Mais non, pas du tout... Iossif, avec tout le respect que je te dois, la classification phylogénétique n'est pas une classification généalogique, elle est phylogénétique, justement, et pour cause : en fonction des espèces connues elle établit des liens de parenté entre les éléments classés, pas des liens de descendance. Si toutes les espèces fossiles étaient connues (elles ne sont pas toutes connues et ne seront jamais toutes connues) et si toutes les espèces vivantes étaient connues (elles ne sont pas toutes connues et ne seront jamais toutes connues) ont pourrait alors, et seulement alors, retracer leur généalogie (les rapports d'ancêtre à descendant). Mais comment retracer ces rapports, ceux de l'arbre généalogique, s'il nous manque des espèces ? la lignée de l'Archaeopteryx pourrait être étteinte alors même qu'il a un ancêtre commun avec les oiseaux actuels. Dans ce cas l'Archaeopteryx ne serait pas l'espèce ancestrale des oiseaux, il serait un oiseau comme le moineau ou l'autruche, c'est-à-dire un descendant, pas un ancêtre. Mais comment le savoir ? comment savoir si un fossile est un ancêtre ? et bien on ne peut pas, c'est ce que je m'éforce de te faire comprendre. Si tu n'as pas lu le livre de Lecointre et Leguyader lis-le, il est excellent et son introduction suffira pour t'expliquer clairement la question. Si tu l'as lu... ben... relis-le s'il te plaît, car il te manque encore un point important à comprendre. Par ailleurs les exemples que tu poses (par bourgeonnement) ne sont même pas de vrais phénomènes de spéciation, Darwin même pose ce genre d'exemples isus de l'élevage et l'agriculture, mais il n'a jamais osé parler de spéciation. Ces phénomènes lui servaient pour prouver qu'il y a descendance avec modification mais il ne les a jamais fait passer pour des phénomènes de spéciation. De même pour les chercheurs actuels, aucun d'entre eux ne peut prétendre que le loup et le chien sont des espèces distinctes... salut ! Kintaro (d) 25 septembre 2011 à 03:22 (CEST)

Je ne veux pas paraitre lourd, mais ces arguments là je les ai déjà entendu des dizaines de fois, les livres de Lecointre je les ai étudié et je m'oppose frontalement avec sa façon de voir les choses. Comment savoir si une espèce devrait être considérée comme une espèce-ancêtre ou une espèce-soeur ? On peut rechercher les autapomorphies ! Si on n'en trouve pas, il n'y a aucune raison de ne pas considérer l'espèce en question comme un ancêtre. Si des symplésiomorphies majeures sont largement partagées au sein d'un groupe et que le plan d'organisation d'un groupe descendant est radicalement différent alors il n'y a pas de raison de ne pas établir un lien d'ancêtre à descendant (principe de parcimonie). Les eucaryotes descendent des procaryotes par exemple. Mais ce n'est pas la controverse elle-même qui m'exaspère (vous avez le droit de ne pas être d'accord et de défendre votre philosophie), c'est le fait qu'elle soit cachée aux yeux de tout le monde sauf des spécialistes ! Wikipédia présente dans tous les articles qui s'y rapporte "LA" classification cladiste (à base de cladogrammes) comme la seule classification phylogénétique possible sans même évoquer la controverse qui les oppose aux évolutionnistes (qui font des phylogrammes). Si vous ne connaissez pas la classification phylogénétique évolutionniste, alors vous devriez vous reporter à ce qu'écrivent Ashlock, Benton, Cavalier-Smith, Dodson, Mayr... Iossif63 (d) 25 septembre 2011 à 11:54 (CEST)

La classification phylogénétique évolutionniste est mentionnée par Lecointre et Le Guyader, tout comme ils en mentionnent d'autres, en rappelant ainsi que la leur n'est pas la seule possible. Et pour ce qui est de la question de l'ancêtre je n'ai pas présenté un seul argument, c'est un simple constat : signaler un fossile ou un taxon comme étant un ancêtre est un abus et une impossibilité pour la science, pour toute science, pour toute méthodologie, pour toute classification imaginable, avec ou sans Lecointre et Le Guyader. Ça tombe sous le sens. Kintaro (d) 25 septembre 2011 à 21:23 (CEST)

Je vous trouve bien sûr de vous pour quelqu'un qui ne présente pas d'arguments, comme vous dites ! Si l'ancêtre commun à l'espèce 1 et l'espèce 2 est un individu identique à l'espèce 1, il n'y a pas de raison de ne pas dire que l'espèce 2 descend de l'espèce 1. De même avec les taxons supérieurs. Il n'y a rien de choquant là-dedans. Ce qui n'est pas de la science, c'est de vouloir à tout prix ignorer les mécanismes réels de spéciation, et d'imaginer à la place qu'on a toujours que des cladogenèses. Ce qui est faux. Cela relève d'une philosophie idéaliste, et pas d'un matérialisme scientifique. En tout cas, même si vous n'êtes pas convaincu, voilà le point de vue des évolutionnistes. Iossif63 (d) 26 septembre 2011 à 06:47 (CEST)

Iossif, calme-toi et tutoie-moi, s'il te plaît... Bref, à nos moutons. Tes propres phrases prouvent que tu n'as rien lu de ce que j'ai écrit :

• Relisons ensemble cette perle de « logique » : Si l'ancêtre commun à l'espèce 1 et l'espèce 2 est un individu identique à l'espèce 1, il n'y a pas de raison de ne pas dire que l'espèce 2 descend de l'espèce 1 : non seulement c'est une pétition de principe grosse comme une maison mais en plus ça n'a rien à voir avec ce dont je te parle. La question est de savoir si dans le monde empirique, pas dans le monde logique, il est possible d'établir un rapport d'ancêtre à descendant, dans le monde empirique c'est-à-dire en déterminant si telle ou telle espèce est descendante de telle ou telle autre. L'individu identique à l'espèce 1, comme tu dis, il est connu de la science ? ou il est encore enterré dans une strate fossilifère en restant encore caché au regard des hommes ? Rends-toi un service et sers-toi de ta jugeote.

Autres phrases qui méritent d'être rappelées à l'ordre :

• vouloir à tout prix ignorer les mécanismes réels de spéciation : je n'ai jamais abordé par moi-même la question de la spéciation, c'est toi qui t'obssèdes à y revenir.
• et d'imaginer à la place qu'on a toujours que des cladogenèses : je n'ai jamais dit une chose pareille.

On écrit une encyclopédie, Iossif, on a une responsabilité envers les lecteurs, mais aussi on a une responsabilité envers nos collègues wikipédiens. Je suis un collègue wikipédien et je te parle de quelque chose. Essaie, s'il te plaît, de rester sur le sujet. Kintaro (d) 26 septembre 2011 à 14:44 (CEST)

Si tu préfères le tutoiement, OK. Oui tu n'as pas abordé les mécanismes de spéciation, et pour cause, tu dis que ça n'a rien à voir avec le schmilblick, alors que si tu me relis attentivement, je te dis que les spéciations sont la base de l'histoire évolutive et donc de la classification qui est censée la refléter. Le biais (énorme !) de ta façon de raisonner, et du cladisme en général, c'est de considérer implicitement (et donc tu prétends qu'on sort du sujet) qu'il n'existe que des cladogenèses dans l'histoire évolutive et par conséquent seulement des clades dans ta classification. Mayr disait d'ailleurs que ce que tu appelles "la classification phylogénétique" n'était pas une classification du tout.

Tu prétends qu'on ne peut pas trouver de fossile ancêtre, ce qui est une affirmation tout à fait injustifiée. Si un fossile ne possède aucune autapomorphie on peut le placer directement sur une branche et pas au bout d'une branche ! Ca c'est à l'échelle des espèces. À l'échelle des taxons supérieurs, il n'est pas très difficile de poser un taxon paraphylétique comme ancêtre d'un taxon dérivé où le plan d'organisation a été modifié (grande distance phénétique, longues branches). Exemple : Les Pongidés (= Orang-Outan + Gorille + Chimpanzé + Bonobo) ancêtres des Hominidés. Pourquoi ? Parce que l'ancêtre commun aux Pongidés et Hominidés avait le plan d'organisation des Pongidés et que le plan d'organisation des Hominidés a été relativement changé. C'est du bête saltationnisme. Là tu vois un bourgeonnement à l'échelle de la famille. Tout comme il y a des bourgeonnements à l'échelle des Domaines (Procaryotes => Eucaryotes), des Règnes (Protozoaires => Animaux), etc.

Mais le bourgeonnement n'est pas le seul mécanisme où la notion d'ancêtre a un sens. C'est encore plus manifeste en paléontologie quand une espèce 1 se transforme progressivement dans les strates en une espèce 2 (anagenèse, très courante avec les ammonites par exemple).

Je pourrais sans doute m'évertuer à te convaincre pendant des jours sans résultat. Mais ma responsabilité de wikipédien comme tu dis, c'est je pense plutôt de faire seulement apparaitre quelque part ce débat (ce qui suppose sûrement un profond remaniement de tous les articles qui se rapportent à l'évolution que je n'ose amorcer) qui est totalement ignoré dans cette encyclopédie. Iossif63 (d) 26 septembre 2011 à 19:48 (CEST)

La « notion d'ancêtre » ? le terme ancêtre désigne alors une « notion » ? « C'est encore plus manifeste en paléontologie quand une espèce 1 se transforme progressivement dans les strates en une espèce 2 » ? T'as déjà vu, toi, et dans des strates sédimentaires, une espèce se transformer en une autre ? Je capitule, trop c'est trop. Kintaro (d) 26 septembre 2011 à 23:09 (CEST)

Mea culpa. J'aurais dû prévoir la stérilité de cette conversation, on habite sur deux planètes différentes, au moins tu seras d'accord avec moi. Iossif63 (d) 27 septembre 2011 à 14:53 (CEST)

Arbre simplifié du vivant selon la classification phylogénétique : trois groupes principaux ou empires sont proposés : les bactéries, les archées et les eucaryotes.

Cette classification est basée sur l'étude moléculaire.--Tooony (d) 1 octobre 2011 à 20:12 (CEST)

Tu peux nous expliquer, Tooony, ce que prouve ce tableau ? elle est où la biologie moléculaire dans ce tableau ???? Kintaro (d) 3 octobre 2011 à 11:49 (CEST)

Le contre-exemple de Tooony est excellent car 1) cet arbre est faux et 2) il est faux justement parce qu'il n'est fondé que sur l'étude de séquences de gènes paralogues universaux. La phénétique moléculaire est impuissante à reconstituer seule une phylogénie correcte sans l'appui de la paléontologie, de l'anatomie comparée, etc. même pour les bactéries ! Iossif63 (d) 4 octobre 2011 à 13:37 (CEST)

Les contributeurs n'ont pas pour vocation à juger des infos publiées et référencées, ou de critiquer les méthodes employées par les auteurs. Elles existent, point. Peu importe la véracité de cette arbre ( les données scientifiques sont révisables de toute façon). Voici deux phrases issues de Lecointre et Leguyader: "depuis les années 1970 on pensait que les pinnipèdes formaient un groupe polyphylétique, mais plusieurs phylogénies moléculaires indépendantes retrouvent à chaque fois des pinnipèdes monophylétiques." ou encore "on a découvert que le groupe-frère des cétacés étaient les hippopotamidés, à partir de plusiers jeux de données moléculaires" ....--Tooony (d) 4 octobre 2011 à 16:40 (CEST)

Il faudra excuser mes sarcasmes par avance, mais malgré la sacro-sainte référence que représente apparemment Lecointre et Leguyader, une phylogénie moléculaire ça ne veut, la plupart du temps, rien dire (et en particulier pour les deux cas que tu cites). Les études moléculaires n'utilisent pratiquement que des méthodes phénétiques. Or la phénétique, qu'elle soit moléculaire ou non, n'est jamais capable de reconstituer une phylogénie, sauf par chance. Un arbre de similitude entre des séquences d'ARNr (par exemple) n'est pas une phylogénie. Cette méthode donne des indices ou des pistes, ensuite étayés par des analyses cladistiques. Des études d'anatomie comparée ont été réalisées sur les cétacés et les hippopotamidés, confirmant ainsi les similitudes qui avaient été révélées au niveau moléculaire. La phylogénie qui a été établi n'est donc pas exclusivement moléculaire, ce que laisse sous-entendre le terme totalement inadapté de phylogénie moléculaire ou encore l'expression de phylogénie basée sur la biologie moléculaire, etc. Donc sans même remettre en cause les résultats, il y a quand même un problème de vocabulaire. Un abus de langage dans lequel se fourvoient parfois les spécialistes eux-mêmes, mais qu'il ne s'agit pas de reproduire dans une encyclopédie. Iossif63 (d) 4 octobre 2011 à 17:07 (CEST)

Toony, s'il te plaît, relis cette phrase de Iossif, une phrase porteuse d'une vérité simple et élémentaire : Des études d'anatomie comparée ont été réalisées sur les cétacés et les hippopotamidés, confirmant ainsi les similitudes qui avaient été révélées au niveau moléculaire. Tu comprends maintenant pourquoi la classification phylogénétique n'est pas basée sur la biologie moléculaire ? la biologie moléculaire nous fait découvrir des caractères qui avant n'étaient pas connus de la science, voilà tout, mais elle n'est pas l'élément décisif, ou le seul, qui détermine les résultats de ce type de classification. Des taxons entiers sont construits sans faire appel à un laboratoire (il manquait plus que ça !!!). Les tétrapodes sont les animaux qui ont quatre pates et les crâniates ceux qui ont un crâne... pas besoin de molécules pour constater un taxon qui se voit à l'oeil nu et que toute méthode de parcimonie des arbres (méthode cladistique de la classification phylogénétique) met systématiquement en lumière. C'est que les caractères des êtres vivants peuvent être moléculaires ou pas. La trompe des proboscidiens (les éléphants) n'est pas un caractère moléculaire mais il est bel et bien pris en compte par toutes les classifications, qu'elles soient phylogénétiques ou pas phylogénétiques. Le mot « phylogénétique », qu'on le comprenne d'une fois pour toutes, ne veut pas dire forcément « analyse en laboratoire de molécules d'ADN ou d'ARN ». Le mot « phylogénétique », dans le domaine des classifications, désigne une méthode de classification qui peut parfaitement fonctionner en ignorant l'existance des molécules. Comment tu dis Tooony ? ignorer les caractères moléculaires serait de la folie et nous ferait construire des arbres inexactes ? bien sûr... mais nos arbres seraient encore plus inexactes si on les basait uniquement sur les caractères moléculaires... car la classification phylogénétique n'est pas basée uniquement sur l'observation des caractères moléculaires mais sur l'observation et la prise en compte de... TOUS les caractères, moléculaires et pas moléculaires, et en plus le nombre de caractères moléculaires découverts à ce jour est très inférieur au nombre de caractères célulaires et macrocélulaires résultants de l'anatomie comparée classique.

La classification phylogénétique, basée sur la biologie moléculaire ? NON, NON et NON. Pour preuve : lorsqu'en 1950 Willi Hennig publie le livre fondateur de la classification phylogénétique, la biologie moléculaire n'existe tout simplement pas. On connaît en 1950 l'existence de l'ADN mais on ne sait pas qu'il est porteur de l'hérédité (de nos jours on appelle ça des gènes...) et on est incapable de le décrypter (et donc d'y observer des caractères contrastables dans une classification). Si Hennig a fondé la classification phylogénétique c'est parce qu'il s'est rendu compte que Darwin lui-même aurait pu le faire. Mais Darwin était trop occupé à compiler des observations pour son livre (lisez - ou relisez - l'Origine des espèces : c'est une interminable et ennuyeuse collection de cas particuliers) et n'a pas cherché à questioner les classifications de son époque, l'idée ne lui a même pas traversé la tête, il s'est limité à dire que les classifications, inconsciemment, avaient reproduit un plan évolutif, même si leurs auteurs étaient créationnistes. Si Darwin avait réalisé qu'en réalité il nous manque plein de fossiles à découvrir... et qu'il nous manque aussi plein d'espèces vivantes à découvrir... il aurait abandonné l'idée d'une généalogie pour adhérer à l'idée d'une phylogénie. Je me tue à le répéter... c'est pourtant simple...

Une dernière chose, Tooony. Tu cites des passages du livre de Lecointre et Le Guyader où les auteurs mentionnent l'intervention de caractères moléculaires dans la création d'un taxon... pourquoi passes-tu sous silence tous les passages, majoritaires, où ils fondent un taxon sur des caractères tout simplement observés à partir de l'anatomie comparée ? Je n'insiste plus, mes propos ont été on ne peut plus clairs. Salutations cordiales, et que nos sains affrontements d'idées ne refroidissent pas nos bonnes relations de Wikipédiens ;) Kintaro (d) 5 octobre 2011 à 16:49 (CEST)

Vous dites :« la classification phylogénétique n'est pas basée uniquement sur l'observation des caractères moléculaires mais sur l'observation et la prise en compte de... TOUS les caractères, moléculaires et pas moléculaires » qui semble en accord avec la phrase qui pose problème « Cette classification se base également sur les comparaisons de molécules (ADN, protéines) dites homologues, appartenant à différentes espèces. ». Vos discussions sont certainement très intéressantes, mais je ne vois pas pourquoi vous les menez ici....--Tooony (d) 5 octobre 2011 à 18:06 (CEST)

La phrase en question est clairement orientée, en accordant à la biologie moléculaire un privilège ou une visibilité qu'elle n'a pas, ce qui trompe délibérément le lecteur. La classification phylogénétique est basée sur la construction des arbres les plus parcimonieux, résultants de calculs complèxes qui prennent en compte le degré de partage des caractères, qu'ils soient moléculaires ou pas. Aprends ça à nos lecteurs, au lieu de prendre la défense d'une phrase complètement anti-pédagogique et délibérément trompeuse à 400%. Kintaro (d) 6 octobre 2011 à 03:03 (CEST)

Dans le genre entretien de la confusion, désolé de le dire, mais je trouve que la nouvelle modification de Tooony n'est guère mieux : Certains taxons de cette classification sont définis par des caractéristiques au niveau moléculaire<ref>le groupe des [[Archées]] est caractérisé par des lipides particuliers dans leurs membranes, un bras de l'[[ARNt]] qui possède de la [[pseudo-uracile]], et la [[phylogénie moléculaire]] soutient la monophylie de ce groupe, d'après G. Lecointre et H. Le Guyader, la ''Classification phylogénétique du vivant'' page 55 de l'édition de 2001, Belin.</ref>. D'une part, le groupe des archébactéries n'est pas uniquement fondé sur des comparaisons de molécules mais aussi sur des comparaisons anatomiques/structurales, comme par exemple l'absence d'un système d'endomembranes (microscopie électronique). D'autre part, l'emploi du qualificatif moléculaire est inapproprié car il sous-entend faussement l'intervention de la biologie moléculaire, alors que par exemple l'étude des lipides des membranes cellulaires relève de la biochimie traditionnelle si j'ose dire. Aucun taxon n'est uniquement défini par des séquences génétiques, il faut ôter cette idée, pas entretenir la confusion.

C'est bon, Iossif, j'ai révoqué son ajout de texte (mais j'ai gardé l'interwiki avec l'article en anglais Phylogenetic nomenclature, qui correspond clairement au présent article. Phylogenetic tree c'est pour arbre phylogénétique. Sur ce point, Tooony a raison). Mais Tooony, le débat n'a pas lieu d'être : les caractères moléculaires sont pris en compte par la classification phylogénétique... mais ils sont pris en compte parmi d'autres qui le sont aussi, et les défenseurs de la classification à rangs taxinomiques (la classification classique à l'ancienne) ils les prennent aussi en compte tes caractères moléculaires (pas ce que tu as écrit : caractéristiques), alors arrête ton cirque s'il te plaît. Kintaro (d) 7 octobre 2011 à 02:51 (CEST)

Wikipédia fonctionne avec des informations sourcées, de manière fiable, en aucun cas sur des avis personnels. Veuillez lire la page 124 de cet ouvrage :« l'étude des marqueurs génétiques comme l'ADN [....] commence à se généraliser. Ainsi Kornfield (1991) a pu proposer une classification phylogénétique de [...] ». Si cette démarche n'est pas la vôtre et si vous préférez crier (MAJ) exclamer (!) et dénigrer vos interlocuteurs, je vous laisserai, dorénavant, très volontiers « troller » tout seul.... Cordialement --Tooony (d) 8 octobre 2011 à 10:30 (CEST)

Tooony, la phénétique moléculaire est une expression que je n'ai jamais utilisée. Si j'ai vraiment écrit ce terme je me suis mal exprimé, mais je ne vois pas où. Ce serait une bonne idée, tiens, que tu me montres un diff. Par ailleurs, classification phylogénétique, cladistique ou phénétique sont des termes à mieux définir dans cette encyclopédie, en tout cas mieux qu'ils ne le sont en l'état actuel des choses. Au lieu de ça ce que tu fais c'est un caca nerveux de gamin pour avoir le dernier mot, pour avoir le dessus dans un conflit généré par rien d'autre que ton égo. Il est pour toi, apparemment, impossible d'admetre que cette partie du texte, à l'origine une phrase de l'année dernière, et qui est de toi, est une bêtise monumentale. Alors tu fais ce que font les enfants, tu tapes des pieds parterre, tu pleurniches et, gamin intelligent, tu mets des petits bandeaux d'avertissement, en essayant de faire croire que le bon droit est de ton côté. Les explications qui t'ont été données sont transparentes: dès l'introduction de l'article tu trompes le lecteur en créant dans son esprit un espace consacré à la biologie moléculaire, comme si elle avait un rôle spécial ou à part dans la classification phylogénétique. Les sources que tu utilises ? elles sont manipulées par le discours que tu construis avec. N'importe qui, par exemple, peut remplacer ta phrase par d'autres phrases, des contre-exemples issus d'autres disciplines: la paléontologie, l'anatomie comparée, l'embryologie. Et avec plein de sources prouvant que telles observations paléontologiques, anatomiques ou embryologiques ont servi à la construction de tel ou tel arbre. Mais toi, fauve blessé, tu veux à tout prix prouver que tu ne t'ai pas trompé... avoir écrit une bêtise, moi ? impossible, voyons !!

Wikipédia ? un chouette jeu vidéo ! et aujourd'hui tu as gagné ! bravo ! quel talent ! mais j'espère sincèrement que cette année le Père Noël t'en apportera un autre, qui te plaira tellement que tu ne reprendras plus jamais ton wikijeu. T'as pensé à demander une Playstation ? Kintaro (d) 8 octobre 2011 à 15:32 (CEST)

J'ai tenté d'écrire une phrase qui devrait concilier la volonté de Tooony faire absolument apparaitre la biomol et la nôtre de ne pas lui donner une place privilégiée. Malgré tout, je ne suis pas persuadé que cette phrase soient nécessaire, les explications que je donne devraient apparaitre dans le corps du texte, voire dans l'article cladistique, mais pas ici. 8 octobre 2011 à 17:55 (CEST) — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Iossif63 (discuter)

Classif phylogénétique et phénétique

Si, historiquement, c'est la méthode cladistique qui a fait émergé les premières classifications phylogénétiques, actuellement un certain de nombre de groupes + ou - importants (Proteobacteria, Afrotheria ,Laurasiatheria..) sont définis par des données moléculaires qui utilisent une approche phénétique (distance). En tout cas ce n'est plus la cladistique à la "manière de Hennig". Donc n'est-il pas judicieux de préciser que la phénétique moléculaire soutient la classification phylogénétique. Merci pour vos réponses constructives.--Tooony (d) 11 octobre 2011 à 09:55 (CEST)

Non c'est faux. La phénétique moléculaire ne définit pas un groupe. Parfois elle donne des indices de proximité, tout comme le faisait la phénétique traditionnelle sans aucune molécule. Je te donne un exemple, le clade des protéobactéries est définit par des synapomorphies classiques : insertion de deux acides aminés dans Hsp70 (les indels sont des informations cladistiques) et présence ancestrale de bactériochlorophylle b.— Le message qui précède, non signé, a été déposé par Iossif63 (discuter)

Et les Afrotheria ou les Cetancodonta?--Tooony (d) 11 octobre 2011 à 22:14 (CEST)

Tu cites des taxons basés à 100% sur des données moléculaires. C'est bien. Félicitations. Il y a aussi des centaines de taxons, des taxons entiers de la première à la dernière espèce les constituant, qui sont basés à 100% sur des données paléontologiques (sphénacodontidés, sauropodes, ptérosaures, dinothériums...) pourquoi tu ne changes pas un peu d'obsession en remplaçant, par exemple, le moléculaire par le paléontologique ??? hein ???

Cet article porte sur la classification phylogénétique dans son ensemble, en mentionnant à parts égales toutes les méthodes utilisées pour la constituer, sans en privilégier une plus qu'une autre. La phénétique n'est qu'une approche possible de la classification phylogénétique : certains systématiciens la défendent et établissent des longueurs de branches, d'autres ne la défendent pas et dessinent des branches de longueur toujours égale. Mais en phénétique, pour établir les distances, le moléculaire n'est pas le seul critère possible, car les longueurs des branches sont basées sur des degrés de partage des caractères... qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas, qu'ils soient moléculaires ou pas.

La phénétique peut parfaitement s'appliquer aux taxons fossiles que j'ai mentionnés plus haut, en prenant en compte des caractères morphologiques, et là, elle ne se sert pas de la biologie moléculaire car elle ne peut pas, tout simplement. Tu peux citer tous les "taxons moléculaires" que tu voudras cela ne prouvera rien quant à une valeur universelle de la biologie moléculaire comme critère de classification. Tout simplement parce que des contre-exemples existent dans tous les autres champs d'observation empirique. Je réponds donc à ta question. La question était la suivante : donc n'est-il pas judicieux de préciser que la phénétique moléculaire soutient la classification phylogénétique. Non, cela n'est pas judicieux, car la phénétique moléculaire n'existe pas, tout comme la phylogénie moléculaire n'existe pas, l'article même est un contresens. La biologie moléculaire existe, et elle peut soutenir les classifications (appelons-les phylogénétique, phénétique, cladistique, peu importe) mais ces dernières, les classifications, ne sont pas moléculaires, ça n'a pas de sens. C'est du réductionnisme pur et dur. Si Wikipédia veut refléter que des chercheurs établissent certains arbres uniquement avec le moléculaire, pourquoi pas, mais dans l'ensemble du vivant, en dehors des petits groupes en bout de branche, ces résultats se cassent les dents systématiquement dès qu'on y introduit l'embryologie, les fossiles ou même l'anatomie comparée. Les arbres strictement moléculaires sont inévitables lorsqu'on n'a rien d'autre que le moléculaire ? ben oui, bien sûr, comme certaines espèces d'Anopheles qui n'ont été décelées que par le moléculaire, mais ces cas n'ont pas la valeur universelle requise pour un article sur la classification en général, sujet sur lequel porte le présent article.

Autre chose. Tu dis : En tout cas ce n'est plus la cladistique à la "manière de Hennig". Faux. Lorsqu'on décide de constituer les taxons, au cas par cas avec un ancêtre [hypothétique, bien sûr] et tous ses descendants, on est en présence d'une cladistique "à la manière de Hennig".

Salutations cordiales, Tooony. Kintaro (d) 12 octobre 2011 à 03:47 (CEST)

Une introduction bavarde et confuse

Bonjour,
On s'attend d'une introduction qu'elle soit une synthèse concise et claire du sujet, quitte à ce qu'elle omette des détails.
Dans son état actuel, rien que pour la comprendre il est nécessaire de se reporter à deux ou trois autres articles ou de se lancer dans la lecture complète de l'article sans trop savoir d'avance quelle section apportera la clarté sur des formulations confuses parce que d'appendre contradictoire.

De manière plus générale la matière de l'introduction est surabondante en affirmations et données historiques. Connaissant mal le sujet, je peux difficilement y palier moi-même. Nombre de ces affirmations auraient une place plus appropriée au sein de section dédiées.

Maintenant si l'état actuel de l'introduction est un artéfact de la recopie en introduction de fragments de section, alors il me parait prioritaire d'aboutir rapidement à une introduction limpide et concise, quitte à ce qu'elle soit incomplète (ce qui n'est guère grave vu qu'une introduction introduit un sujet et non ses développement et qu'il restera toujours temps de la compléter si c'est impératif de le faire en introduction plutôt que dans une section dédiée)

Le fait est que dans sa version actuelle elle apporte plus de confusion que de clarté pour un étranger à la discipline.
Cordialement--Overkilled ^[discuter] 16 octobre 2020 à 12:54 (CEST)

Craniata et Vertebrata

Bonjour, Une question simple (ou pas) : est-ce tous les taxons de la clade craniata font également partie de la clade vertebrata ? --Ynihl (discuter) 17 novembre 2021 à 17:51 (CET)