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Le Muséum d’histoire naturelle d'Aix-en-Provence, fondé par le géologue Henri Coquand en 1838, est un musée situé à Aix-en-Provence. Il est installé depuis 1950 dans le prestigieux Hôtel Boyer-d’Éguilles, monument historique datant du XVIIe siècle, dans lequel séjourna le célèbre botaniste aixois Joseph Pitton de Tournefort.
En 1838, Madeleine Carle, veuve d'un pharmacien aixois collectionneur de curiosités, et notamment d'espèces d'oiseaux exotiques, propose à la municipalité d'Aix d'acheter cette collection. Sous l'impulsion du maire d'Aix Antoine Aude, un cabinet d'histoire naturelle est fondé. D'autres scientifiques de la ville cèdent aussi au cabinet une partie de leur collection : le père de Gaston de Saporta, mais aussi Hippolyte de Fonscolombe, et d'autres. Le cabinet est dirigé par le géologue Henri Coquand.
Le , son ouverture est annoncée par Le Mémorial d'Aix, journal local. Il occupe alors deux salles du premier étage de l'hôtel de ville. Divers dons vont venir compléter la collection au fil des années. Mais avant la mort de son troisième conservateur, Camille Léon Mesplès, en 1893, le Muséum n'est plus guère entretenu et les visiteurs sont moins nombreux.