Ruminococcus
| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Phylum | Bacillota |
| Classe | Clostridia |
| Ordre | Eubacteriales |
| Famille | Oscillospiraceae |
Ruminococcus est un genre de bactéries anaérobiques gram positif de la famille des Oscillospiraceae (en).
On le retrouve dans le microbiome intestinal de nombreux mammifères, ruminants ou non, où il caractérise un entérotype de type 3[1],[2],[3].
Ces bactéries ont besoin pour se développer de glucides fermentescibles comme la cellulose[4].
Certaines bactéries de ce genre sont connues pour être proinflammatoires (ex : Ruminococcus lactaris), et la surabondance de Ruminococcus est corrélée avec :
- une maladie auto-immune, le lupus érythémateux disséminé[5]. L'espèce Ruminococcus gnavus se retrouve dans le système intestinal de 90 % des individus[6]. Il est moins abondant chez les patients atteints de la maladie de Parkinson[7] ;
- un risque accru de croissance rapide d'un cancer de la prostate et de résistance de ce cancer à l'hormonothérapie, car certaines bactéries du genre Ruminococcus produisent des androgènes à partir de précurseurs apportés par le bol alimentaire, et ces androgènes passent aisément dans le sang en jouant alors un rôle de perturbateur endocrinien vis-à-vis de l'organisme et des médicaments anti-androgène[8].
- un risque accru de Syndrome de l'intestin irritable[9].
Liste des espèces[modifier | modifier le code]
Selon la LPSN (18 mars 2024)[10] :
- Ruminococcus albus Hungate 1957
- Ruminococcus bovis Gaffney et al. 2021
- Ruminococcus bromii Moore et al. 1972
- Ruminococcus callidus Holdeman & Moore 1974
- Ruminococcus champanellensis Chassard et al. 2012
- Ruminococcus flavefaciens Sijpesteijn 1948
- Ruminococcus gauvreauii Domingo et al. 2008
- Ruminococcus lactaris Moore et al. 1976
- Ruminococcus torques Holdeman & Moore 1974
- Ruminococcus turbiniformis Afrizal et al. 2023
Les analyses phylogénétiques indiquent que les espèces R. gauvreauii, R. faecis, R. gnavus, R. lactaris et R. torques appartiennent cladistiquement à la famille des Lachnospiraceae (comme Roseburia intestinalis (en) ou Coprococcus eutactus (en)) et non aux Ruminococcaceae (en) et doivent de ce fait être réattribuées à d'autres genres[11] dont Mediterraneibacter (es)[12]. Parmi les Ruminococcaceae, R. bromii s'avère cladistiquement plus proche des Clostridium[11].
Trois nouvelles espèces potentielles, Candidatus Ruminococcus primaciens, Ruminococcus hominiciens et Ruminococcus ruminiciens sont identifiées dans le microbiome intestinal humain. Elles disposent toutes de cellulosomes (en) multienzymatiques fonctionnels permettant de dégrader la cellulose cristalline[13]. Elles pourraient avoir été acquises auprès de ruminants lors de leur domestication. Chez l'humain, elles se sont adaptées à la digestion des céréales et sont en régression dans les pays industrialisés du fait des aliments ultratransformés[14].
Publication originale[modifier | modifier le code]
- (en) A. Kaars Sijpesteijn, « Cellulose-decomposing bacteria from the rumen of cattle », thèse, Université de Leyde, (ISSN 1572-9699, DOI 10.1007/BF02062631, lire en ligne, consulté le )
Notes et références[modifier | modifier le code]
- (en) M. Arumugam, J. Raes […] P. Bork, « Enterotypes of the human gut microbiome », Nature, vol. 473, , p. 174–180 (résumé)
- (en) Brandon Keim, « Gut-Bacteria Mapping Finds Three Global Varieties », Wired.com, 04.20.2011 (lire en ligne)
- (en) Andy Coghlan, « Each human has one of only three gut ecosystems », New Scientist.com, (lire en ligne)
- DOI 10.1099/mgen.0.000099
- https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com/publications/ruminococcus-gnavus-le-grand-mechant-loup-du-lupus
- « Des bactéries friandes de sucres bénéfiques pour notre flore intestinale », sur Futura (consulté le ).
- Hill-Burns, EM; Debelius, JW; Morton, JT; Wissemann, WT; Lewis, MR; Wallen, ZD; Peddada, SD; Factor, SA; Molho, E; Zabetian, CP; Knight, R; Payami, H (May 2017).Parkinson's disease and Parkinson's disease medications have distinct signatures of the gut microbiome. Movement Disorders
- (en) Nicolò Pernigoni, Elena Zagato, Arianna Calcinotto et Martina Troiani, « Commensal bacteria promote endocrine resistance in prostate cancer through androgen biosynthesis », Science, vol. 374, no 6564, , p. 216–224 (ISSN 0036-8075 et 1095-9203, DOI 10.1126/science.abf8403, lire en ligne, consulté le )
- (en) Ulla Hynönen, Pia Rasinkangas, Reetta Satokari et Lars Paulin, « Isolation and whole genome sequencing of a Ruminococcus-like bacterium, associated with irritable bowel syndrome », Anaerobe, vol. 39, , p. 60–67 (ISSN 1075-9964, DOI 10.1016/j.anaerobe.2016.03.001, lire en ligne, consulté le )
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 18 mars 2024
- (en) Alex J La Reau, Jan P Meier-Kolthoff et Garret Suen, « Sequence-based analysis of the genus Ruminococcus resolves its phylogeny and reveals strong host association », Microbial genomics, Society for General Microbiology (d), vol. 2, no 12, , e000099 (ISSN 2057-5858, PMID 28348838, PMCID 5359413, DOI 10.1099/MGEN.0.000099)
- (en) Amadou Hamidou Togo, Awa Diop, Fadi Bittar, Marie Maraninchi, René Valero, Nicholas Armstrong, Grégory Dubourg, Noémie Labas, Magali Richez, Jeremy Delerce, Anthony Levasseur, Pierre-Edouard Fournier, Didier Raoult et Matthieu Million, « Description of Mediterraneibacter massiliensis, gen. nov., sp. nov., a new genus isolated from the gut microbiota of an obese patient and reclassification of Ruminococcus faecis, Ruminococcus lactaris, Ruminococcus torques, Ruminococcus gnavus and Clostridium glycyrrhizinilyticum as Mediterraneibacter faecis comb. nov., Mediterraneibacter lactaris comb. nov., Mediterraneibacter torques comb. nov., Mediterraneibacter gnavus comb. nov. and Mediterraneibacter glycyrrhizinilyticus comb. nov », Antonie van Leeuwenhoek, Springer Science+Business Media, vol. 111, no 11, , p. 2107-2128 (ISSN 0003-6072 et 1572-9699, OCLC 221740919, PMID 29855844, DOI 10.1007/S10482-018-1104-Y)
- (en) Sarah Moraïs, Sarah Winkler, Q124856628, Liron Levin, Falk S. P. Nagies, Nils Kapust, Eva Lamed, Avital Artan-Furman, David N. Bolam, Madhav P. Yadav, Edward A. Bayer, William F. Martin et Itzhak Mizrahi, « Cryptic diversity of cellulose-degrading gut bacteria in industrialized humans », Emission lines due to ionizing radiation from a compact object in the remnant of Supernova 1987A, vol. 383, no 6688, (ISSN 0036-8075, DOI 10.1126/SCIENCE.ADJ9223)
- https://www.science.org/content/article/some-our-key-gut-microbes-likely-came-cows-and-we-re-losing-them
Liens externes[modifier | modifier le code]
- (en) Référence BioLib : Ruminococcus Sijpesteijn, McGowan & Sneath, 1948 (consulté le )
- (en) Référence Catalogue of Life : Ruminococcus Sijpesteijn, 1948 (consulté le )
- (fr + en) Référence EOL : Ruminococcus (consulté le )
- (fr + en) Référence GBIF : Ruminococcus Sijpesteijn, 1948 (consulté le )
- (en) Référence IRMNG : Ruminococcus Sijpesteijn, 1948 (Approved Lists, 1980) (consulté le )
- (fr + en) Référence ITIS : Ruminococcus Sijpesteijn, 1948 (consulté le )
- (en) Référence LPSN : Ruminococcus Sijpesteijn 1948 (consulté le )
- (en) Référence NCBI : Ruminococcus (taxons inclus) (consulté le )
- (en) Référence OEPP : Ruminococcus (consulté le )
- (en) Référence Taxonomicon : Ruminococcus Sijpesteijn 1948 (Approved Lists 1980) (consulté le )
- (en) Référence WoRMS : Ruminococcus Sijpesteijn, 1948 (+ liste espèces) (consulté le )
