Markus Knaapi pratique d'abord la natation avant de se tourner vers l'athlétisme. Il commence ensuite à se consacrer au cyclisme à partir de 2020. Dès l'année suivante, il devient champion de Finlande du contre-la-montre dans la catégorie espoirs (moins de 23 ans)[3]. Il est également sélectionné en équipe nationale pour disputer les championnats d'Europe espoirs de Trente, où il se classe 31e de l'épreuve chronométrée.
En 2022, il rejoint l'équipe continentale Ampler-Tartu2024. Lors des championnats de Finlande, il réalise le meilleur temps toutes catégories confondues sur le contre-la-montre, ce qui lui permet de remporter à la fois le titre chez les espoirs et les élites[4]. Il décroche aussi le maillot de champion national sur route en espoirs, après avoir terminé quatrième de la course en ligne[5].
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